2002年10月版

MXDORTOMXDTRICL

統合マニュアル

 

東京工業大学 地球惑星科学専攻 河村 雄行

 

 

---------------目次---------------

MXDORTO/TRICLを用いた研究・開発の手順と本マニュアルの参照箇所

 

 パソコンMD計算システム概要

 [1−1] 特徴

 [1−2] MD計算のための計算機システムについて

 [1−3] システム構成(プログラムとデータファイルのつながり )

 [1−4] ソースプログラムと実行プログラムの取り扱い

        [1-4-1] 扱える系の制限とその変更

        [1-4-2] 種々のフォートラン処理系(コンパイラ)への対応

        [1-4-3] 実行プログラムの作成と実行

                        Compac Visual Fortran

                        Lehey Fujitsu Fortran 90、95

 [1−5] いくつかのBASICプログラム

 [1−6] MXDORTO(TRICL).Fプログラムの構造とフローチャート

 [1−7] JCPEフロッピィーディスクの内容

[1−8] パソコンハードディスクシステムでの設定例

 

 外部ファイルと入出力情報

 [2−1] 結晶構造データベースとその作成・追加

[2−2] 初期座標データの作成

[2-2-1] 結晶MDの初期データの作成

[2-2-2] 融体/ガラスのMD計算の初期データの作成

 [2−3] MD計算の制御データ(FILE05.DAT)と実行

 [2−4] データファイルの構造

FILE07.DAT,    FILE09P.DAT(結晶), 

FILE08.DAT,    FILE09P.DAT(融体/ガラス)

FILE10.DAT,    FILE09V.DAT

FILE11.DAT,    FILE09PV.DAT

 [2−5] 標準出力ファイル(FILE06.DAT)の読み方

 

<<< JCPEディスクにはこれ以下の3から6は含まれておりません >>>

(パソコンによる材料設計(平尾と河村、裳華房)をご覧ください)

 

 いくつかの計算例

[3−1] シリカ融体とガラス

         [3-1-1] 初期データ作成と初期緩和

        [3-1-2] 現実融体温度への冷却

        [3-1-3] 原子間相互作用の妥当性と部分イオン性モデル

        [3-1-4]  ガラスへの冷却

[3−2] 多成分系液体

        [3-2-1]K2O・2SiO2-Na2O・SiO2融体

         [3-2-2]K-Na-Ca-Al-Si-O融体

[3−3] CaTiO3ペロフスカイト結晶

                [3-3-1]結晶の初期緩和

                [3-3-2]ペロフスカイト型化合物の原子間相互作用パラメータ

        [3-3-3]CaTiO3結晶の高温と高圧下での構造変化

[3−4] 水、氷、および無機分子

                [3-4-1]水と氷

                [3-4-2]無機分子

[3−5] 新たな原子間相互作用モデルの適用

        [3-5-1]原子に固有のパラメータのみからなるモデル

        [3-5-1]原子対に適用されるパラメータを含む場合

 

4 原子間相互作用モデル

      完全イオン性モデル、部分イオン性モデル、3体モデル、・・・

 

5 理論とアルゴリズム

      圧力一定、準古典、エワルド法、差分方程式、・・・

 

6 構造と物性の計算

 

 

本プログラムシステムとマニュアルの作成にあたり、高知大学教育学部赤松直助教授

には全般にわたって注意深く点検をしてくださり、内容に関し助言を頂いた。

また、北海道大学理学部化学科無機化学講座および東京工業大学理学部地球惑星科学教室河村研究室において

河村と共に分子動力学法の開発とそれを用いた研究に携わった大学院生等諸氏には、

多くの問題の解決にあたり協力を頂いた。ここに記して感謝する

 

 

 

 

MXDORTO/TRICLを用いた研究・開発の手順と本マニュアルの参照箇所

 

無機化合物等に関する研究・開発において分子動力学法計算の必要性が生じる

      

MXDORTO / MXDTRICL を手に入れる

日本コンピュータ化学会に入会する

  

プログラムの概要を知る

[1-1]  [1-3]  [1-6]

[1-7]

    

コンピュータと基本ソフトウェアを手に入れる

[1-2]

      

パソコンやワークステーションではディレクトリ等の設定をする

[1-3]  [1-4]  [1-8]

      

プログラムを、必要であれば修正して、コンパイルする

[1-4]

      

プログラムの使用法を演習する

[3-1]  [3-2]  [3-3]

[3-4]  [3-5]

      

考えている物質系について初期データを作成する

[2-1]  [2-2]

      

原子間相互作用が対応していなけばサブルーチンをつくる

[3-5]

                  

MD計算を実行する

[2-3]

                  

特殊なMD法であればプログラムを変更する

[参考文献]

       |            |

結果を解析する

[1-5]  [2-4]  [2-5]

       |            |

必要なら、解析プログラムを作成する

[参考文献]

       |            |

論文・報告書を作成する

 

 

 

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